La Sexta Edición de Warhammer fue según muchos la mejor equilibrada y mejor para jugar del juego, Sexta Edición apareció por el verano del año 2000. Uno de los grandes cambios de Sexta Edición fue el sistema de creación de ejercitos, el cual era más restrictivo que en ediciones anteriores (0-50% de los puntos en personajes, 25% o más en tropas, y hasta un 25% en máquinas de guerra y monstruos) ya que limitaba considerablemente el número de personajes que se podían incluir así como como las máquinas de guerra y los monstruos, lo cual personalmente no me pareció un mal cambio.
Los personajes quedaban dividos en dos categorías: Comandantes y Héroes, siendo los primeros más parte caras y mejores hechiceros que sus homólogos héroes pero solo podías incluir un único comandante y solo a 2000 puntos. Los héroes eran menos poderosos (dos heridas, 3 ataques de media los que eran de tortas, y los hechiceros solo podían ser de nivel 1 o 2) pero podían incluirse en mayor número, hasta 3 en partidas de menos de 2000 puntos. Asimismo se limitaron los objetos mágicos a un máximo de 100 puntos para comandantes y 50 puntos para héroes.
Las tropas quedaban divididas en tres secciones: unidades básicas, unidades especiales y unidades singulares. Las unidades básicas englobaban a las tropas más fundamentales de los ejercitos como alabarderos, lanceros y caballeros en el caso del imperio, guerreros enanos, ballesteros y atronadores en los enanos... Su inclusión de al menos dos o más unidades de este tipo era obligada.
Las unidades especiales representaban a tropas de élite como maestros de las espada, monjes de plaga, tumularios etc máquinas de guerra como cañones y catapultas y unidades de monstruos tamaño ogro-troll,
Las unidades singulares eran las opciones más poderosas como gigantes, hidras y las máquinas de guerra más letales como lanzavirotes de repetición, tanque a vapor, cañón órgano similares. La magia también cambio significativamente, ya no se jugaba con cartas como en 4ª y 5ª . En sexta, como en posteriores ediciones, cada jugador tenía sus dados de energía y sus dados de dispersión, los primeros servían para intentar lanzar hechizos y los segundos para intentar repeler los hechizos enemigos. Los niveles de magia se mantienen, cada hechicero conoce tantos hechizos como su nivel de magia y además repercute en el número de dados de energía y de dispersión que se generan.
El pánico bajo, antes cuando el general del ejercito moría todas las unidades del ejercito tenían que tirar pánico y las filas de cuatro miniaturas contaban para resolución de combate. Los carros eran más frágiles ya que las heridas no salvadas de fuerza 7 o superior los destruía automáticamente. Las reglas de vuelo se simplificaron bastante, nada de volar alto. Los libros de ejercito estaban más o menos equilibrados, Khemri y los Reinos Ogros eran peores y había libros bastante tochos como Caos que podía mezclar demonios, bestias y mortales alegremente y salían listas muy duras con caballería de guerreros del caos, furias y aulladores a gogo. Los Skaven también eran muy duros (o asquerosos más bien) si se abusaba de las amerratadoras y de los ingenieros brujos (los conocidos casinos skaven).
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